13號線自然博物館站緊貼上海自然博物館的特色，月臺設計顯得神秘而新奇。車站室內空間由咖啡、淺棕和米色等深淺不同的色塊組合而成，裝飾動線蜿蜒崎嶇，形似溶洞，洋溢著輕快而又時尚的暖色調。其內牆和天花分別採用22毫米NBK?建築陶板和樂思龍?鋁合金吊頂，用完全不同的材料塑造出渾然一體的空間效果。特意為其打造了一套新型安裝系統，每塊鋁板都可以獨立拆卸，安裝維護極為便利。